吉林是满族的发祥地。随着满汉文化的不断交融，乾隆元年（1736年）,乾隆皇帝钦命修建永吉州文庙（吉林文庙的前身）,作为清朝在东北建立的第一座文庙—吉林文庙，既是清朝对汉文化传入东北的认可，更是汉文化与东北少数民族文化融合的历史见证。

乾隆三十年（1765年），由吉林理事同知图善于庙内东南隅起魁星楼一间，修棂星门三楹。

乾隆五十五年（1790年）,城内大火，文庙被焚，由吉林将军琳宁奏请，用官银重新修葺，殿庑门堂焕然一新。

嘉庆十一年（1806年），庙内斋房被火所焚。十四年（1809年），奉天学政茹棻奏请，将宫内所刊经籍颁放奉省各学饬建尊经阁存贮，当时吉林虽有学政官员，但无考棚，学政工作基本属奉天府管辖，，因此，由吉林理事同知富元，学政孙鉽白，将军秀林，副都统达禄率所属官员和吉林士绅捐资，于文庙内斋房故址建起尊经阁。

从嘉庆十四年（1809年）至道光初年，文庙的建筑有圣殿三间、东西两庑各三间、启圣祠三间、大成门三间、泮水池、棂星门、东西两角门（东曰圣域，西曰贤关），门墙外有左右下马坊各一，其南为照壁，庙之西为明伦堂三间，堂西有尊经阁三间，堂后为学正廨所。

永吉州文庙建成之初，在正殿悬有康熙皇帝御书“万世师表”匾额，此匾额应系康熙十九年（1680年）以后，由康熙皇帝书成，存于宫内的。此外，在嘉庆年间，又由嘉庆皇帝赐御书“圣集大成”匾额一块，悬正殿。

  道光十八年（1838年），由吉林士绅捐款维修。

   咸丰九年（1859年），由举人庆福、贡生侯镇藩倡捐重修泮池，改为石桥。

同治十年（1871年），另建明伦堂三楹，砖仪门一座，并修大门。

光绪九年（1883年）,由署府教授解延庆改建两庑，为各五楹。

光绪十九年（1893年），由巡道讷钦重修，添建祭器乐器二库，加大泮池，加高照壁，并于庙内建名宦祠、乡贤祠、节孝祠各三楹。在大成殿后，建崇圣祠三楹。

光绪三十二年（1906年），升祭孔为国之大祀。光绪三十三年（1907年），吉林改设行省，巡抚朱家宝和提学使吴鲁认为原有文庙简陋，不足崇礼，乃聘江苏训导管尚莹去关内考察文庙，决定在东莱门外（即今址）拓建新庙（即现吉林文庙）。宣统元年（1909年）新庙落成，其大成门、大成殿、崇圣殿及围墙均以以黄琉璃瓦覆顶。

民国九年（1920年）至十一年（1922年）经吉林省督军兼省长鲍贵卿、孙烈臣主持重修，历时三年。重修长九丈照壁一座，东西建砖楼各一，“文武官员到此下马”石坊，东西辕门，辕门上悬吉林提学使曹广祯所书“德配天地”和“道贯古今”匾额。在院内重修的除有棂星门、石牌坊、泮池、状元桥外，计有大成殿十一间，东西庑各九间，大成门五间（东曰金声，西曰玉振）、崇圣祠七间，乡贤祠三间，名宦祠三间，东西官厅各三间，东省牲厅三间，祭器乐器库三间，神厨一间，后院看守室三间，大成殿外石栏杆，砖厅一座，总计殿宇房屋共六十四间。                    

民国十四年（1925年），由吉林省长王维宙主持维修。

伪康德元年（1934年），由伪吉林省长李铭枢主持维修。

伪康德三年（1936年），对大成殿维修。

伪康德十年（1943年），由伪吉林省长金名世主持较大维修。

解放以后，国家对吉林文庙古建筑的保护非常重视，一九六五年经吉林省拨款，在北京购黄琉璃瓦，并特聘北京古建专家，对吉林文庙大成殿进行维修，共耗资人民币二十余万元。

吉林文庙自建成到“文革”之前经历过六次较大规模的维修。“文革”期间，遭到了严重破坏。

1990年9月28日，以吉林文庙为馆址成立了吉林市文庙博物馆，并正式对外开放。

2006年5月25日，国务院批准吉林文庙为第六批国家级重点文物保护单位。

如今，古老珍贵的吉林文庙正以巍峨庄严的身姿，迎接八方宾客的到来。